疫情急速升溫下，疫情指揮中心宣布國高中周一（5/17）起的停課規定，各大學院校原則上由各校自行決定，大多數學校在上周五已召開校級防疫會議，並緊急發送電子信件通知師生，本周一起的上課新規定。東吳大學宣布，外雙溪和城中兩校區進行全面遠距教學；國立臺灣海洋大學亦表示，全面啟動遠距教學模式，並呼籲教師得以提早進行遠距上課。
海大已於5月13日完成全校性的大型消毒，同日由校長許泰文親自督導指揮，再次召開防疫會議提升防疫措施。許泰文強調，即使在遠距教學期間仍會維持教學品質，並安排課後輔導時間供學生教學互動及解惑。
東吳大學城中區鄰近台北萬華區嚴重疫區，此項地緣關係引發學生憂慮，東吳大學表示，為守護東吳全體師生健康，除遠距上課外，也將於兩校區進行大規模消毒；另外，東吳大學將再加強住宿的防疫措施。東吳大學校長潘維大表示，遠距教學不代表停課，學生須配合健諮中心，填寫防疫生活日誌，校方也會確實掌控學生足跡，避免成為防疫破口。
東吳大學表示，全面遠距教學將先進行兩週，兩週之後視疫情狀況再決定是否持續遠距上課模式，至於特殊課程，如無法進行線上教學的實驗課，則採取彈性措施，由任課老師向教務處報備後進行，上課師生同樣必須遵守實聯制、量測體溫。而實施遠距教學期間，行政人員正常上班，維持學校正常運作。
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