住宿部分，依照教育部開學防疫指引，為避免群聚感染，要求東吳住宿生事前完成快篩或PCR，學生於9月20日起可辦理入住程序，東吳大學也將在9月12日進行校內外宿舍的大規模消毒，讓學生安心入住。
東吳外雙溪和城中兩校區餐廳開放內用，校方已設置隔板、標示梅花座，並加強消毒工作。
另外，推廣部於10月5日前，原則上採線上教學。部分需實體上課課程採小班制，學生數限制在以往的五分之一，座位固定並點名、保持安全社交距離，入校先量體溫、落實實聯制，嚴格杜絕疫情進入校園。
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